A Magyar Köztársaság és az Apostoli Szentszék között létrejött 1997. július 20-án, Vatikánvárosban aláírt megállapodásban (Vatikáni megállapodás) Magyarország vállalta, hogy a Katolikus Egyház az általa fenntartott közoktatási intézmények után (óvodák, általános iskolák és középiskolák, diákotthonok) ugyanolyan szintű pénzügyi támogatásban részesül, mint a hasonló intézményeket működtető állami és önkormányzati fenntartó. Az egyházak hitéleti és közcélú tevékenységének anyagai feltételeiről szóló 1997. évi CXXIV. törvény a Vatikáni megállapodásban foglaltakat a többi intézményfenntartó egyházra is kiterjesztette.

Az önkormányzati közoktatási intézmények működtetése a fenntartó feladata, amihez a központi költségvetés jogszabályban meghatározott módon és mértékben hozzájárul. A központi támogatásról az éves költségvetési törvény rendelkezik. Az állami támogatás ún. normatív rendszeren keresztül jut el a fenntartókhoz. A rendszer lényege, hogy különböző közoktatási feladatokhoz a törvény meghatározott összegű támogatást (normatívát) rendel, és e támogatásokat a fenntartók tanulólétszámnak megfelelően kapják meg. (A jelenlegi támogatási rendszer mintegy 40-féle normatívát tartalmaz.)

A normatív támogatás a közoktatás költségeit nem fedezi teljes mértékben, ezért az önkormányzatoknak (fenntartóknak) azt saját forrásaikból kell kiegészíteniük. (A központi támogatás általában a ráfordítások kétharmadát fedezi, a hiányzó rész forrása az önkormányzatoknál helyben maradó adóbevételek, helyi adók és más önkormányzati bevételek, támogatások.)

Az egyházi közoktatási intézmények - az önkormányzatiakkal azonos szintű - finanszírozása az alábbiak szerint valósul meg.

Az előzőekben bemutatott kétcsatornás finanszírozási konstrukció első elemét, a közoktatási normatív támogatásokat az egyházi fenntartók az önkormányzatokkal azonosan és teljes körűen megkapják az intézményeikben tanulók létszáma alapján.

A források másik részét - az önkormányzati saját ráfordításokat - az egyházak az ún. "egyházi kiegészítő támogatással" kapják meg. A kiegészítő támogatás folyósítása "két ütemben" történik. Az éves költségvetés tervezésekor a kormányzat kalkulációt készít az önkormányzatok várható közoktatási ráfordításáról. (Ennek pontos összege nem állapítható meg, mert a helyi önkormányzatok forrásaik felett szabadon rendelkeznek, és azok ágazatok közötti felosztása helyi szinten, a képviselőtestület útján történik.) A tervezett teljes ráfordítást csökkentik a normatív támogatások összegével. Az egyházi kiegészítő támogatás egy tanulóra jutó normatívája tehát az így előálló tervezett önkormányzati "saját rész" és az önkormányzati intézmények tanulólétszámának hányadosaként adódik, ezt a számot rögzíti a költségvetési törvény. (Megjegyezzük, hogy ilyen kiegészítő támogatásra az egyéb nem állami fenntartók nem jogosultak.)

A törvényben rögzített normatív támogatásokat (az általános közoktatási normatívákat és a kiegészítő normatívát) a tárgyév folyamán az intézmények fenntartói havi ütemezésben kapják meg. A tárgyévet követően - immár a tényleges létszámadatok és a tényleges önkormányzati ráfordítások ismeretében - kerül sor a kiegészítő támogatás korrekciójára. Ekkor a tényleges ráfordítás és a tényleges tanulólétszám alapján meghatározott korrigált kiegészítő támogatást - amennyiben az nagyobb a tervezettnél - az egyházi fenntartók egy összegben kapják meg. Ha a valós ráfordítás a tervezettnél kisebb, visszafizetési kötelezettség keletkezik. A kiegészítés (vagy visszafizetés) mértékéről a tárgyévi költségvetésről "beszámoló" zárszámadási törvény rendelkezik.

A fentiekben leírt konstrukcióval és eljárásrenddel a kormányzat biztosítja, hogy az egyházi intézmények fenntartói országos szinten és átlagosan az önkormányzati fenntartókkal azonos szintű finanszírozásban részesüljenek.