Az intézményrendszer fejlesztésének egyik fontos része az akkreditációs feltételek szigorítása. Több lépcsős lett az eljárás, először a létesítőnek bizonyítania kell a törvényhez kapcsolódó kormányrendelet szerinti feltételeket. Ha ez megvan, akkor veszi nyilvántartásba a Felsőoktatási Regisztrációs Központ. De ettől még képzést nem folytathat, ehhez is meg kell szerezni a jogosultságot. Ennek eredménye a működési engedély kiadása. Ezt követően foglal állást az Országgyűlés.

Jelenleg az új eljárás szerint 8 intézménylétesítési kérelem érkezett a Felsőoktatási és Regisztrációs Központhoz, ebből hármat tudtak fél év alatt a feltételek bizonyítása alapján nyilvántartásba venni, a működési engedély kiadása azonban még nem történt meg a MAB véleménye hiányában. A régi rendszer szerint több éves akkreditációt követően egy üzleti képzést folytató főiskola támogatása történt meg, ebben az esetben a törvény módosításakor előterjesztést kell készíteni és az Országgyűlés fog dönteni.

A csökkenő gyermeklétszám, illetve továbbtanulói létszám miatt prognosztizálható további átalakulás a már működő intézményekben. Nagy intézményekben ez jelenthet felvehető létszámcsökkenést, ennek eredményeként szakok kifutását majd megszűntetését, új képzési profil kialakítását. Kis intézményekben, ahol egy képzési területen csak két-három szak van, ott várható - a jelentkezési arány csökkenésének eredményeként -, hogy a fenntartónak újra kell gondolnia a felsőoktatási szolgáltatás vállalását.

Állami intézmény esetében nagyobb szakszámmal működnek a kisebb intézmények is, de a létszámból következő tendencia felvetheti más intézményekkel történő integráció kérdését. A felsőoktatási törvény alapján ennek kezdeményezésére csak maguk az intézmények jogosultak

A karok kérdése intézményi hatáskör, nem az a jellemző, hogy azokat megszűntetik, hanem inkább bővítik. Az ELTE-n közel tíz év kellett ahhoz, hogy a főiskolai képzést folytató bölcsész és természettudományi karok beépüljenek a hasonló jellegű karokba. Szegeden ilyen irányú változás nem is indult el. Debrecen az elmúlt időben rendkívül sok kart létesített. A karok kérdése, még ha akkreditáció is van, intézményi hatáskör.